Водопривредно друштво “Шајкашка” д.о.о. има дугу традицију, чији корени датирају још од 1872. године, када су на територији Војводине почеле да се организују прве водне задруге, са циљем заштите становништва и имовине од штетног дејства вода. Уважавајући интересе тадашњих корисника водних услуга, уз њихово учешће и уз подршку надлежних државних и локалних органа, те задруге и њихови правни наследници су кроз историју и период од готово век и по, па све до данашњих дана, одиграле значајну улогу у одвођењу сувишних вода са плодних ораница Војводине, а посебно у одбрани од спољних вода, када су и Дунав и Тиса повремено знали да покажу сву своју силину и моћ.
После Другог светског рата водна задруга, основана за подручје “Шајкашке”, наставила је своју мисију, обављајући и даље делатност због које је основана, овај пут у новом државном уређењу, у другим политичким околностима и у новом облику, као “Шајкашко-новосадска водна заједница”, која је 1952. године основана одлуком тадашњег Извршног одбора Народне скупштине АПВ.
Привредна реформа 1962. године доноси промене које су обухватиле и водопривреду, тако што тадашња покрајинска Влада доноси одлуку о престанку рада водних заједница за подручје Бачке и Баната, а њихове ресурсе интегрише у велики пројекат Хидросистем Дунав-Тиса-Дунав. Водне заједнице настављају да живе и раде, али овај пут као саставни делови, као реонски, а онда и као водопривредни погони, Дирекције за изградњу хидросистема ДТД, у оквиру којег је данашња “Шајкашка” носила назив “Реонски погон Нови Сад”.
Седамдесетих година, у следећој привредној реформи, Дирекцију и реонске погоне наслеђују Водопривредна радна организација “Хидросистем ДТД”, у чијем саставу се региструју основне организације удрженог рада, па и ООУР “Шајкашка” са седиштем у Новом Саду. У то време и у водопривреди су никле самоуправне интересне заједнице за одређена мелиорациона подручја, у којима су, из истих интереса, били обједињени и заједнички доносили одлуке, корисници и даваоци услуга у водопривреди, где су кориснике представљали грађани и привредни субјекти са мелиорационог подручја, а даваоце услуга су представљале водопривредне организације. Та форма удруживања остаће забележена као нејдемократскији и најнепосреднији облик управљања мелиорационим системима.
Стављањем ван снаге Закона о удруженом раду и доношењем првог Закона о предузећима 1989. године, у новим политичким оквирима вишепартијског система и тржишне привреде, “Шајкашка” престаје да постоји у облику организације удруженог рада, а као њен правни следбеник, одлуком запослених и потписивањем споразума о издвајању из радне организације, истовремено је основано Водопривредно друштвено предузеће “Шајкашка”, са седиштем у Новом Саду.
Препознавајући значај водопривредних друштвених предузећа у транзиционим процесима, као привредних субјеката који се баве заштитом од штетног дејства вода – делатношћу од општег интереса, у новембру 2014. године Влада Републике Србије доноси Решење о преузимању власничких права на друштвеном капиталу, а на основу којег у августу 2015. доноси и Одлуку о изменама и допунама оснивачких аката ВДП-а. Поступак промене правне форме заокружује се уписом и доношењем решења од стране Агенције за привредне регистре, од ког момента „Шајкашка“ наставља да послује у форми друштва са ограниченом одговорношћу, са 100% уделом државе у капиталу друштва.